Kontynuacja filmu "Więzień labiryntu" to dalsze losy Thomasa, który po ucieczce z labiryntu wraz z ekipą musi przejść najbardziej zniszczoną część Ziemi.
Kiedy Sam budzi się w zatłoczonym metrze, nie wie, jak się tam dostał, ani skąd pochodzi. Rozpaczliwie szuka śladów swojej tożsamości w niewielkiej zawartości plecaka. Powoli zaczyna zdawać sobie sprawę z tego, że jego życie jest w wielkim niebezpieczeństwie. Zaczyna powoli odkrywać przerażającą prawdę o tym kim jest i co z mu zrobiono.
Bardzo bogaty człowiek, umierający na raka, przechodzi radykalną procedurę medyczną, która przenosi jego świadomość do ciała zdrowego, młodego mężczyzny.
Film składa się z siedmiu przeplatających się ze sobą wątków, których akcja toczy się między latem a zimą, zarówno w dużych miastach, jak i w oddalonych zakątkach współczesnej Rosji. Bohaterowie bardzo różnią od siebie, ale próbują odnaleźć się w Rosji, gdzie stare miesza się z nowym. To zbiór przenikających się wzajemnie historii o kraju, w którym przeszłość, teraźniejszość i przyszłość nieustannie się przenikają, a każda z tych tradycji jest równie silna i przeciwstawia się innym.
Niedaleka przyszłość. W wyniku katastrofy prawie cała powierzchnia Ziemi poddana została śmiercionośnemu promieniowaniu. Ludzkość uległa zagładzie. W jedynym nieskażonym rejonie o powierzchni kilku kilometrów przetrwała para nieznajomych, którzy próbują odbudować swój świat. Uczą się funkcjonować w nowych warunkach, zbliżają się do siebie. Gdy wydaje się, że mają przed sobą przyszłość, w okolicy pojawia się ten trzeci. Nie wiadomo skąd przybył, ani jak przetrwał. Zachowuje się przyjaźnie, ale widać, że coś ukrywa. Między mężczyznami zaczyna się rywalizacja o kobietę, która wkrótce przeradza się w agresję…